Το 1754, ο νεαρός Νικηφόρος επιστρέφει στη γενέτειρά του. Δεν είναι σαφές κατά πόσον ισχύει η άποψη της βιογράφου του Ζωής Μουρούτη-Γκενάκου ότι "από της εποχής ταύτης προσωπικήν αγωνίαν του Θεοτόκη και κύριον σκοπόν του έργου του απετέλεσε, πώς θα ηδύναντο οι υπόδουλοι Έλληνες ν' ασκηθούν εις τα ‘στοιχεία' των επιστημών και να παρακολουθήσουν την πρόοδον της Ευρώπης". [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 8] Το βέβαιο είναι ότι επιστρέφοντας στην πατρίδα του αποφασίζει να ιδρύσει σχολείο που θα παρέχει ανώτερη μόρφωση. Πιθανόν δεν είναι τυχαίο το γεγονός ότι μόλις τέσσερα χρόνια νωρίτερα, με το θάνατο του Δαμοδού, έπαψε να λειτουργεί η σχολή που είχε ιδρύσει εκείνος στα Χαβριάτα της Κεφαλονιάς. Αρχικά ο Θεοτόκης παρέδιδε μαθήματα στο σπίτι του. Το "Κοινόν Φροντιστήριον" —κοινοτικό σχολείο του οποίου ανέλαβε την οργάνωση και τη διεύθυνση— άρχισε να λειτουργεί το 1758, και για την ίδρυσή του συνεργάστηκε με τον παλιό του δάσκαλο Ιερεμία Καββαδία. Σύμφωνα με μαρτυρία του Γενικού Προβλεπτή Francesco Grimani, το 1759, "ήνοιξεν η Σχολή της Κοινότητος υπό την διεύθυνσιν κυρίως ενός νέου μοναχού Έλληνος του πατρός Νικηφόρου Θεοτόκη. […] Αυτός ο μοναχός εσπούδασεν εις το Πατάβιον και εις την Βονωνίαν. Επέστρεψεν προ πέντε ετών με το κύρος του επιστήμονος και ήρχισεν αμέσως να διατηρή είδος ιδιωτικής σχολής εις την κατοικίαν του." [ό.π.: 3] Ήδη από τα μαθήματα που παρέδιδε κατ' οίκον, ο Νικηφόρος φρόντιζε να ρίξει ιδιαίτερο βάρος στη διδασκαλία της φυσικής φιλοσοφίας και των μαθηματικών "κατά το σύστημα των νεωτέρων". Η διδασκαλία αυτή συστηματοποιήθηκε στο "Κοινόν Φροντιστήριον", όπως πιστοποιείται από το πρόγραμμα σπουδών και τα μαθηματάρια που σώζονται από εκείνη την εποχή. Παράλληλα, ο Ιερεμίας Καββαδίας ανέλαβε τη διδασκαλία των γραμματικών μαθημάτων και της μεταφυσικής, ενώ ιταλόφωνοι δάσκαλοι ανέλαβαν τη διδασκαλία της λατινικής γλώσσας και γραμματείας. [ό.π.: 85-101]
Ο Θεοτόκης αποτελεί τυπικό δείγμα λογίου που, μετά τις σπουδές του στα ιταλικά πανεπιστήμια, επιστρέφει στη γενέτειρά του και επιδιώκει να κερδίσει την αναγνώριση της τοπικής κοινωνίας μέσω του διδακτικού του έργου. Η διδασκαλία των σύγχρονων μαθηματικών και της φυσικής φιλοσοφίας περιβάλλει το Νικηφόρο με την αίγλη της νεωτερικότητας και ενισχύει το πνευματικό του κύρος. Τυπική, όμως είναι και η ανατολικοστρεφής του τάση: Ενώ ακόμα διευθύνει το σχολείο που ίδρυσε ο ίδιος δέχεται πρόσκληση από τον πατριάρχη Ιωαννίκιο να αναλάβει τη σχολαρχία της Αθωνιάδας, η οποία έπαψε να λειτουργεί λίγο μετά την αποχώρηση του Βούλγαρη. Η βιογράφος του αποδίδει την πρόσκληση στην εξάπλωση της φήμης του ως δασκάλου των επιστημών. Παράλληλα, όμως, επισημαίνει ότι το πρόσωπο που μεσολάβησε στους πατριαρχικούς κύκλους για την ανάθεση της αποστολής στο Θεοτόκη δεν είναι άλλος από το φαναριώτη "πρίγκηπα" Γρηγόριο Γκίκα, προστάτη και του άλλου σημαντικού λογίου της εποχής Ευγένιου Βούλγαρη. Δεδομένου, μάλιστα, ότι οι συνεννοήσεις γίνονται το διάστημα 1761-1762, κατά το οποίο ο Γκίκας έχει στενότατες σχέσεις με το Βούλγαρη, δεν μπορούμε να αποφύγουμε την υπόθεση ότι το πρόσωπο που βρίσκεται πίσω από αυτά τα σχέδια είναι ο ίδιος ο Βούλγαρης. Με παρέμβαση, ωστόσο, του πρώην πατριάρχη Σεραφείμ, ο οποίος εκείνη την εποχή μονάζει στο Όρος, τα σχέδια αυτά ματαιώνονται, για άγνωστους λόγους. [Στοιχεία: "Αφιέρωσις"] Παρ' όλα αυτά, ο Θεοτόκης εγκαταλείπει την Κέρκυρα και μεταβαίνει στην Κωνσταντινούπολη, όπου τον βρίσκουμε να φιλοξενείται στον οίκο του Γκίκα μαζί με τον συντοπίτη του Ευγένιο.
Λεπτομέρειες για την παραμονή του στην Κωνσταντινούπολη δεν έχουμε. Ούτε καν τον ακριβή χρόνο της άφιξης και της αναχώρησής του από την πόλη. Το βέβαιο είναι ότι όταν ο Γρηγόριος Γκίκας διορίζεται ηγεμόνας της Μολδαβίας ο Θεοτόκης μεταβαίνει για ένα σύντομο διάστημα στο Ιάσι προκειμένου να αναλάβει τη σχολαρχία της υπό αναδιάρθρωση ηγεμονικής ακαδημίας. Γνωρίζουμε ότι το 1764 —έτος διορισμού του Γκίκα— στην ακαδημία διδάσκονται τα μαθηματικά του Θεοτόκη. [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 12] Γνωρίζουμε, όμως, επίσης ότι το 1765 η σχολαρχία ανατίθεται στον Ιώσηπο Μοισιόδακα. Συνεπώς, ο Θεοτόκης παρέμεινε στα καθήκοντά του για λιγότερο από ένα χρόνο και αναχώρησε, για άγνωστους λόγους, για τη Λειψία. Την ίδια εποχή βρίσκεται στο Βουκουρέστι και, πιθανώς, στο Ιάσι ο Βούλγαρης, ο οποίος επίσης αναχωρεί για τη Λειψία. Έπαιξε η πιθανή συνάντησή τους κάποιο ρόλο στην απόφαση του Θεοτόκη να εγκαταλείψει το Ιάσι; Ο ίδιος δηλώνει ότι η εσπευσμένη μετάβασή του στη Λειψία έγινε με σκοπό την έκδοση των Στοιχείων Φυσικής.Και ο Ευγένιος, όμως, για παρόμοιους λόγους πήγε στη Λειψία.
Ο Θεοτόκης έμεινε στη Λειψία για δύο περίπου χρόνια και επιμελήθηκε, πράγματι, την έκδοση της Φυσικής του. Όπως φαίνεται από μια αναφορά του στο δεύτερο τόμο του έργου, το διάστημα αυτό είχε την ευκαιρία να εντρυφήσει στη φυσική φιλοσοφία της εποχής του. Αυτό τον βοήθησε να εμβαθύνει στην κατανόηση ορισμένων ζητημάτων της πειραματικής φυσικής και να επιφέρει τις αναγκαίες βελτιώσεις στο σύγγραμμά του. [Στοιχεία, Β': 242] Το 1767, ωστόσο —έτος που εκδίδεται ο δεύτερος τόμος των Στοιχείων— τον συναντάμε πάλι στην Κωνσταντινούπολη, φιλοξενούμενο του Γρηγορίου Γκίκα, ο οποίος έχει απομακρυνθεί από το αξίωμα του ηγεμόνα της Μολδαβίας. Σύμφωνα με τις υπάρχουσες πληροφορίες, ο Νικηφόρος ανέλαβε την επιμέλεια του γιου του φαναριώτη άρχοντα και ασχολήθηκε με φιλολογικές μελέτες. Αποτέλεσμα αυτών των μελετών ήταν η σύνταξη του έργου του Σειρά ενός και πεντήκονοτα υπομνηματιστών εις την οκτάτευχον και τα των Βασιλειών, το οποίο εξέδωσε λίγα χρόνια αργότερα στη Λειψία. Το φθινόπωρο του 1768 ο Γκίκας διορίζεται ηγεμόνας της Βλαχίας και αναχωρεί για το Βουκουρέστι. Είναι πιθανό ότι λίγο αργότερα αναχωρεί και ο Θεοτόκης για τη Λειψία. [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 14-18]
Το 1770 ο Νικηφόρος βρίσκεται στη Λειψία, όπου "συνηντήθη μετά του Ευγ. Βουλγάρεως. Ούτος τον έφερε εις επαφήν μετά των πανεπιστημιακών κύκλων της πόλεως." [ό.π. 18] Δεν έχουμε καμία ένδειξη, ωστόσο, ότι ασχολείται με τις επιστήμες. Φαίνεται ότι η βασική του μέριμνα τα τέσσερα και πλέον χρόνια που έμεινε εκεί ήταν η έκδοση τριών έργων θεολογικού περιεχομένου. Το 1769 μεταφράζει από τα λατινικά και εκδίδει το Πόνημα χρυσούν Σαμουήλ Ραββί του Ιουδαίου,έργο το οποίο αποβλέπει στον προσηλυτισμό των Ιουδαίων στην Ορθοδοξία. Τον επόμενο χρόνο εκδίδεται με δική του επιμέλεια το έργο Ισαάκ του Σύρου τα ευρεθέντα Ασκητικά. Το έργο αποτελεί βοήθημα που απευθύνεται στους μοναχούς όλων των κοινοτήτων με στόχο να αποτελέσει "παντός ασκητικού μαθήματος άριστον παιδευτήριον". [ό.π.: 20] Τέλος, το 1772 ολοκληρώνει τη φιλολογική επιμέλεια των πατερικών σχολίων στην Οκτάτευχο και εκδίδει τους δύο τόμους της Σειρά ενός και πεντήκονοτα υπομνηματιστών εις την οκτάτευχον και τα των Βασιλειών.
Το σοβαρότερο περιστατικό που συνέβη, όμως, κατά την παραμονή του στη Λειψία είναι η εκλογή του στο θρόνο του αρχιεπισκόπου Φιλαδελφείας. Η εξέλιξη του περιστατικού περιγράφεται από μια σειρά επιστολών που αντάλλαξε με τους εκπροσώπους της ελληνικής κοινότητας της Βενετίας και η οποία κατέληξε στην οριστική παραίτησή του από το αξίωμα δίχως να έχει αποδεχτεί ποτέ την εκλογή του. Τα γεγονότα αυτά σηματοδοτούν την αποφασιστικότερη καμπή στη σταδιοδρομία του κερκυραίου λογίου.
Η ελληνική κοινότητα της Βενετίας ιδρύθηκε το 1498, έτος κατά το οποίο οι ελληνόφωνοι κάτοικοι της πόλης έλαβαν άδεια από την ανώτατη ενετική αρχή, το Συμβούλιο των Δέκα, να ιδρύσουν δική τους Αδελφότητα. Η κοινότητα συγκροτήθηκε ως Αδελφότης του Αγίου Νικολάου. Το 1573εγκαινιάστηκε ο ιερός ναός του Αγίου Γεωργίου, ο οποίος αποτέλεσε το πνευματικό κέντρο της κοινότητας. "Το Πατριαρχείον της Κωνσταντινουπόλεως, με την πάροδον του χρόνου, αντελήφθη, ότι η ελληνική κοινότης της Βενετίας είχεν ασυγκρίτως μεγαλυτέραν ανάγκην ποιμενάρχου και λόγω της θέσεώς της και λόγω των εκεί διαμενόντων πολλών χιλιάδων Ελλήνων. Διά να περιβάλη δε με μεγαλυτέραν δύναμιν την ορθόδοξον Εκκλησίαν της Βενετίας και δια να προσδώση περισσότερον κύρος εις τον πνευματικόν αρχηγόν της, μετέθεσε δια Συνοδικής εγκυκλίου την έδραν της Αρχιεπισκοπής Φιλαδελφείας εις τον ορθόδοξον ναόν του αγίου Γεωργίου Βενετίας." [Κούκκου, 1973: 51-52] Έκτοτε ο μητροπολίτης Φιλαδελφείας ήταν πατριαρχικός έξαρχος και επίτροπος τόσο της εκκλησίας της Βενετίας όσο και των Ορθοδόξων εκκλησιών της Δαλματίας που υπάγονταν στην έδρα του. Η διαδοχή των αρχιεπισκόπων έβαινε ομαλά μέχρι το Μελέτιο Τυπάλδο, ο οποίος απομακρύνθηκε από το θρόνο του το 1713 επειδή ασπάστηκε τον Καθολικισμό.
Μετά την απομάκρυνση του Τυπάλδου ο αρχιεπισκοπικός θρόνος παρέμεινε κενός για μεγάλο διάστημα, λόγω των ανταγωνισμών μεταξύ της τοπικής Ορθόδοξης Εκκλησίας και των Καθολικών. Από το 1709 ισχύει απόφαση της ενετικής Γερουσίας σύμφωνα με την οποία οι ιερείς του Αγίου Γεωργίου οφείλουν να αποδέχονται του όρους της συνόδου της Φλωρεντίας και να εξετάζονται ως προς τη συμμόρφωσή τους στα Καθολικά δόγματα από Καθολικό αρχιεπίσκοπο. Για λόγους που έχουν να κάνουν με την αναβάθμιση της κοινωνικής και οικονομικής ισχύος της ελληνικής κοινότητας, ωστόσο, το Δεκέμβριο του 1761 εκδίδεται "δεκρέτο", το οποίο τροποποιεί μερικά αυτό το διάταγμα και επιτρέπει στην ελληνική κοινότητα να εκλέξει αρχιεπίσκοπο υπό το μοναδικό όρο ότι αυτός θα δηλώσει ενόρκως την αποδοχή των όρων της συνόδου της Φλωρεντίας. Έτσι, μετά από λίγους μήνες γίνεται η πρώτη έγκυρη πράξη εκλογής αρχιεπισκόπου Φιλαδελφείας μετά από πενήντα χρόνια. Όμως, ο Γρηγόριος Φατζέας, ο οποίος εξελέγη, δεν έλαβε ποτέ το χρίσμα του Οικουμενικού Πατριαρχείου. Το ίδιο συνέβη και με το Νικηφόρο Μόρμορη, ο οποίος τον διαδέχτηκε το 1768. Έτσι, η αβεβαιότητα και οι παλινωδίες γύρω από τον αρχιεπισκοπικό θρόνο συνεχίστηκαν για άλλα δέκα χρόνια. Το 1772, η Αδελφότης του Αγίου Νικολάου συνήλθε εκ νέου και εξέλεξε το Νικηφόρο Θεοτόκη. [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 22-24] Τόσο η εκλογή όσο και (κυρίως) η επικύρωσή της από τις ενετικές αρχές ευνοήθηκε από την παρέμβαση του Ιακώβου Νάνη, ιππότη και αρχηγού του ενετικού στόλου ο οποίος γνώριζε προσωπικά το Θεοτόκη και είχε συνεργαστεί μαζί του για την επισκευή του λιμανιού των Γουβίων, στην Κέρκυρα. [ό.π.: 10]
Την εποχή εκείνη ο Θεοτόκης βρισκόταν στη Λειψία και αντάλλαξε μια σειρά επιστολών με τον "Μεγάλο Φύλακα" και τα μέλη της Αδελφότητας του αγίου Νικολάου σχετικά με το θέμα της εκλογής του και της ανάληψης των καθηκόντων του. Η αλληλογραφία αυτή άρχισε το Φεβρουάριο του 1772 και ολοκληρώθηκε τρία χρόνια αργότερα, το Νοέμβριο του 1775 με την οριστική παραίτησή του από τον αρχιεπισκοπικό θρόνο. Στην πρώτη επιστολή του, ο Νικηφόρος θέτει τους όρους του για την ανάληψη των καθηκόντων του. Οι όροι αυτοί αφορούν την ελεύθερη λειτουργία της Ορθόδοξης Εκκλησίας έναντι τόσο των Καθολικών όσο και των πολιτικών ενετικών αρχών. Ζητά από τον επικεφαλής της ενετικής Δημοκρατίας να διευκρινίσει σαφώς ποιες είναι οι δικαιοδοσίες του Αρχιεπισκόπου Φιλαδελφείας και να αναγνωρίσει την αποκλειστική εξάρτηση της τοπικής εκκλησίας από το Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης. Φαίνεται ότι η δημόσια δήλωση που ζητά δεν έγινε ποτέ. Αντ' αυτού, στην διάρκεια του επόμενου χρόνου, πληροφορείται νέες προσπάθειες των Καθολικών να ελέγξουν την Ορθόδοξη Εκκλησία. Αντιδρά έντονα αποκηρύσσοντας την ουνία και ζητώντας από όλα τα μέλη της ελληνικής κοινότητας να υπογράψουν ένα υπόμνημα υπέρ της ανεξαρτησίας της Ανατολικής Ορθοδόξου Εκκλησίας και της υπαγωγής της στο Οικουμενικό Πατριαρχείο της Κωνσταντινούπολης. Το υπόμνημα αυτό θα έπρεπε, κατά την απαίτησή του, να κατατεθεί στην ανώτατη αρχή της Ενετικής Δημοκρατίας. Δεν είναι γνωστό κατά πόσο τα μέλη της κοινότητας πραγματοποίησαν την επιθυμία του, αλλά η κατάσταση δεν άλλαξε γι' αυτό και ο Θεοτόκης συνέχισε να παραμένει στη Λειψία αρνούμενος να αναλάβει τα καθήκοντά του.
Το Φεβρουάριο του 1773 έλαβε επιστολή με την οποία το Συμβούλιο της ελληνικής Αδελφότητας του ζητούσε να μεταβεί στη Βενετία μολονότι "δεν είχον ακόμη επιτύχει την διακήρυξιν του πρίγκιπος της ενετικής Δημοκρατίας περί της πλήρους αποδεσμεύσεως της ελληνικής Εκκλησίας και του Αρχιεπισκόπου της και επομένως ούτε την επικύρωσιν της εκλογής του υπό του Πατριάρχου Κωνσταντινουπόλεως". [Κούκκου, 1973: 61] Ο Θεοτόκης αρνείται εφόσον δεν εξέλιπαν οι λόγοι που είχε επικαλεστεί αρχικά και επαναλαμβάνει το αίτημά του για γραπτή διαβεβαίωση του πρίγκηπα περί της ανεξαρτησίας της Ορθόδοξης Εκκλησίας επαυξάνοντάς το με την απαίτηση να φέρει επιπλέον τη σφραγίδα του Πατριάρχη. Ο λόγος είναι ότι "όπως είχον τα πράγματα τότε, ένεκα του θεσπίσματος της ενετικής Γερουσίας, όλοι επίστευον ότι η ελληνική Εκκλησία της Βενετίας ήτο προσηρτημένη εις την παπικήν Εκκλησίαν και ότι όστις κληρικός ανελάμβανεν οποιανδήποτε υπηρεσίαν εις αυτήν εθεωρείτο ότι απεκόπτετο από την ανατολική ορθόδοξον Εκκλησίαν" [ό.π.: 62-63] Γι' αυτό το λόγο εξάλλου, είχαν αφοριστεί οι δύο προηγούμενοι Αρχιεπίσκοποι Φιλαδελφείας.
Μέχρι το Σεπτέμβριο του 1773 η κατάσταση δεν έχει αλλάξει και ο Θεοτόκης κάνει μια προσπάθεια να φέρει τα μέλη της κοινότητας σε επαφή με τον προστάτη του, τον ιππότη Ιάκωβο Νάνη. Θεωρεί ότι με τη μεσολάβησή του στην παπική αυλή το θέμα μπορεί να διευθετηθεί. Η απάντηση που λαμβάνει δύο μήνες αργότερα αναφέρεται σε κάποια ευνοϊκή απόφαση των Λατίνων που ελήφθη τον παρελθόντα Σεπτέμβριο αλλά διαφαίνεται η προσπάθεια του Προεδρείου της Αδελφότητας να συγκαλύψει το πραγματικό περιεχόμενό της. Έτσι ο Θεοτόκης παραμένει αμετακίνητος στην αρχική του απόφαση. Έχει μετακινηθεί πλέον στη Βιέννη και φαίνεται να αντιμετωπίζει οικονομικό πρόβλημα, μολονότι προηγουμένως είχε αρνηθεί τη χρηματική ενίσχυση που του έστειλε η ελληνική αδελφότητα. Γιατί τότε, παρατείνει "το μαρτύριόν του"; Όπως γράφει ο ίδιος για το συμφέρον των ψυχών των αδελφών του και κυρίως για το γενικό καλό του Έθνους που θα προκύψει "εκ της αποκτήσεως της πολυποθήτου διακηρύξεως της αποδεσμεύσεως της ελληνικής Εκκλησίας" της Βενετίας. [ό.π.: 67]
Το ερώτημα, βεβαίως, είναι κατά πόσο τα μέλη της ελληνικής κοινότητας της Βενετίας ήταν πρόθυμα να μεταβάλλουν την υπάρχουσα κατάσταση. Σε επιστολή που έλαβε ο Θεοτόκης την άνοιξη του 1774 ο νέος πρόεδρος της αδελφότητας υπαινίσσεται ότι οι κατηγορηματικοί όροι που έθεσε εξαρχής ο Θεοτόκης τους είχαν δημιουργήσει πολλές δυσκολίες. Ο ίδιος ο Θεοτόκης κατά το διάστημα των διαπραγματεύσεων αλληλογραφεί με το δάσκαλό του Ιερεμία Καββαδία παραπονούμενος ότι, ούτε λίγο ούτε πολύ, οι επίτροποι προσπάθησαν να τον εξαπατήσουν για να δεχτεί τις αρχές της ουνίας ενώ γράφει στο σπαθάριο Ιακωβάκη Ρίζο παρακαλώντας τον να αναλάβει εν λευκώ την υπόθεση της εκλογής του "πλησίον του Οικουμενικού Πατριάρχου". [ό.π.: 69]
Το καλοκαίρι του 1774 και ενώ ο Θεοτόκη βρίσκεται στο Breslau ("Βρατισλαυία"), καθ' οδόν προς το Ιάσι, συντάσσει εκτενή επιστολή παραίτησης, η οποία, ωστόσο δεν στάλθηκε ποτέ. Στην επιστολή αυτή στηλιτεύει τη συμπεριφορά και την ατολμία του συμβουλίου της ελληνικής αδελφότητας κατά τρόπο που υπονοεί ότι θεωρεί πως δεν υπάρχει από μέρους τους η απαραίτητη (πολιτική) βούληση για αυτονόμηση από την ενετική κυριαρχία και την παπική εξουσία. Η οριστική παραίτησή του από τον αρχιεπισκοπικό θρόνο υπεβλήθη το Νοέμβριο του 1775 με μια λιτή και επιγραμματική δήλωση με την οποία ζητά να απαλλαγεί του αξιώματός του και η παραίτηση αυτή να έχει ισχύ δημοσίου εγγράφου [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 36].
Η επόμενη περίοδος της ζωής του Θεοτόκη περιβάλλεται από μυστήριο: Ο Γρηγόριος Γκίκας, ο οποίος έχει διοριστεί εκ νέου ηγεμόνας της Μολδαβίας, καλεί το Νικηφόρο να αναλάβει τη σχολαρχία της αυθεντικής ακαδημίας του Ιασίου. Εκείνος ανταποκρίνεται στο αίτημά του και φθάνει στο Ιάσι το φθινόπωρο του 1774. Σύμφωνα με τη βιογράφο του "ο Θεοτόκης κατά την δευτέραν ταύτην σχολαρχίαν, επανερχόμενος εκ Λειψίας, παραλλήλως προς την μέριμναν των εκδόσεών του, είχε παρακολουθήσει εις τα πανεπιστημιακά σπουδαστήρια τας τελευταίας εξελίξεις των θετικών επιστημών και μελετήσει τα συγγράμματα των συγχρόνων Φυσικών, Αστρονόμων και Μαθηματικών." [ό.π.: 40] Έτσι, το μικρό διάστημα που παρέμεινε στη θέση του προωθεί τη διδασκαλία της φυσικής φιλοσοφίας και των μαθηματικών. Ένα χρόνο αργότερα, ωστόσο, ο Θεοτόκης εγκαταλείπει τη θέση του και την πόλη "διά νυκτός ώς δραπέτης". [Αγγέλου, 1992: 80] Οι λόγοι της φυγής του είναι άγνωστοι. Όλες οι αναφορές συγκλίνουν στην υπόθεση ότι συνάντησε την αντίδραση των "συντηρητικών κύκλων της πόλεως, οφειλομένας εις το γεγονός ότι εδίδασκε ‘την νέαν φιλοσοφίαν'". [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 40] Υπεύθυνος για την άποψη αυτή είναι ο Ιώσηπος Μοισιόδαξ, ο οποίος αναφέρει στην Απολογία του ότι ο Θεοτόκης έπεσε θύμα αντιδραστικών "μαγγανειών", όπως υποτίθεται ότι συνέβη και στον ίδιο, σε διάφορες φάσεις της σταδιοδρομίας του. [Αγγέλου, 1992: 81] Το περιστατικό δεν πρέπει να είναι άσχετο, ωστόσο και από την επιστολή που λαμβάνει τον Οκτώβριο του 1775, από το φίλο του Ευγένιο Βούλγαρη με την οποία εκείνος του ανακοινώνει τη χειροτονία του σε αρχιεπίσκοπο Σλαβινίου και Χερσώνος. Όπως και να έχει το πράγμα, στα τέλη του ίδιου χρόνου ο Νικηφόρος βρίσκεται στη Βιέννη, όπου εργάζεται ως οικοδιδάσκαλος για να ποριστεί τα προς το ζην.
Την ίδια χρονιά εκδίδεται στη Χάλλη (Halle) το έργο του Απόκρισις Ορθοδόξου τινός πρός τινα αδελφόν Ορθόδοξον περί των της Κατολίκων Δυναστείας και περί του τίνες οι Σχίσται και οι Σχισματικοί και οι Εσχισμένοι. Το βιβλίο έχει στόχο την απόκρουση της ουνιτικής προπαγάνδας των Καθολικών και απευθύνεται στους ελληνόφωνους πληθυσμούς που κατοικούν στις διάφορες πόλεις της Ιταλίας και της κεντρικής Ευρώπης. Το έργο παίζει τον ίδιο ρόλο που έπαιξε για το Βούλγαρη η μετάφραση του Νακάζ: Είναι η προετοιμασία για το πέρασμα στη Ρωσία. Οι Ορθόδοξοι οφείλουν υποταγή και πίστη στους άρχοντες της χώρας όπου φιλοξενούνται, γράφει ο Θεοτόκης. Αυτή η υποταγή αφορά, όμως, μόνο τα ζητήματα της πολιτικής τους δικαιοδοσίας. Στα ζητήματα της πίστης δεν πρέπει να δέχονται καμία επέμβαση. Αν, παρ' όλα αυτά, οι πιέσεις των κρατούντων είναι ανώτερες των δυνάμεών τους και απειλείται η ζωή και η περιουσία τους μπορούν να μετακινηθούν σε επαρχίες ή σε πόλεις όπου δεν έχει εισχωρήσει η ουνιτική προπαγάνδα και η πίστη τους δεν διώκεται. Μεταξύ των χωρών αυτών συγκαταλέγεται και η κραταιοτάτη των Ρώσων Αυτοκρατορία, η οποία "υπτίαις χερσί και πατρικαις αγκάλαις πάντας τους ορθοδόξους υποδέχεται". [Μουρούτη-Γκενάκου, 1979: 43] Ένα ή δύο χρόνια αργότερα ο Θεοτόκης μεταβαίνει στη Ρωσία. Η πρόσκληση έρχεται από τον Ευγένιο Βούλγαρη, ο οποίος, αρχικά, τον διορίζει στο αρχιεπισκοπικό συμβούλιο της Παλτάβα και το 1779, που παραιτείται από τον αρχιεπισκοπικό θρόνο, τον ορίζει διάδοχό του.
Για τη ζωή του Θεοτόκη στη Ρωσία έχουμε ελάχιστες πληροφορίες. Γνωρίζουμε ότιπολιτικάβρίσκεται στην ίδια γραμμή με το φίλο και μέντορά του Ευγένιο Βούλγαρη. Στο λόγο που εκφωνεί κατά την ενθρόνισή του στην αρχιεπισκοπή Σλαβινίου και Χερσώνος αναφέρεται στις προσδοκίες των Ορθόδοξων πληθυσμών, οι οποίοι προσβλέπουν στη ρωσική επέμβαση για την ενοποίηση της "από περάτων έως περάτων ορθοδοξούσης εκκλησίας". Επίσης, βεβαιώνει την πίστη του στην εκπλήρωση των "χρησμωδών και χρηστηρίων", σύμφωνα με τα οποία η νίκη των Ρώσων επί των Οθωμανών θα οδηγήσει στη συγκρότηση του βασιλείου των Ελλήνων υπό την ηγεσία των "βασιλικών εγγονών" της Αικατερίνης Β'. [ό.π.: 48]
Εργογραφία
- Στοιχεία Φυσικής εκ νεωτέρων συνερανισθέντα, υπό Νικηφόρου Ιερομονάχου του Θεοτόκου, τόμοι Α'-Β', Λειψία 1766-1767.
- Λόγοι εις την Αγίαν και Μεγάλην Τεσσαρακοστήν, μετά και τινών πανηγυρικών, επιφωνηματικών και επιταφίων, Λειψία 1766.
- Πόνημα χρυσούν Σαμουήλ Ραββί του Ιουδαίαου εξελέγχον την των Ιουδαίων πλάνην, Λειψία 1769.
- Του οσίου πατρός ημών Ισαακ επισκόπου Νινευί του Σύρου τα ευρεθέντα ασκητικά, Λειψία 1770.
- Σειρά ενός και πεντήκονοτα υπομνηματιστών εις την οκτάτευχον και τα των Βασιλειών, Λειψία 1772.
- Απόκρισις Ορθοδόξου τινός πρός τινα αδελφόν Ορθόδοξον περί των της Κατολίκων Δυναστείας και περί του τίνες οι Σχίσται και οι Σχισματικοί και οι Εσχισμένοι, Χάλλη 1775.
- Προσφώνημα τη ευσεβεστάτη, θεοστέπτω, σεβαστή, τρισμεγίστη και φιλανθρωποτάτη αυγούστη κυρία Αικατερίνη Αλεξιάδι, ..., εκφωνηθέν υπό Νικηφόρου, αρχιεπισκόπου Σλαβονίου και Χερσώνος, καθ' ην ημέραν επί τον της αρχιερωσύνης βαθμόν προεβιβάσθη, Βερολίνο 1968.
- Απόδειξις του κύρους των της νέας και παλαιάς Διαθήκης βιβλίων, και των εν αυτοίς αληθείας υπεράσπισις ή ανασκευή της εκ του Βολταίρου βίβλου, Βιέννη 1794.
- Κυριακοδρόμιον, ήτοι ερμηνεία και μετ' αυτήν ηθική ομιλία εις το κατά πάσαν Κυριακή εν ταις αγίαις των Ορθοδόξων Εκκλησίαις αναγιγνωσκόμενον Ευαγγέλιον, Μόσχα 1796.
- Στοιχείων Μαθηματικών εκ παλαιών και νεωτέρων συνερανισθένων, τόμοι 3, Μόσχα 1798 (ο πρώτος τόμος) –1799(οι δύο άλλοι).
- Στοιχεία Γεωγραφίας, Βιέννη 1804.
- Εξήγησις του κατά Ρασκολνίκων λόγου εν τη επιστρέψει αυτών, 1915.
- Λόγος εκφωνηθείς εν τη Κυριακή τηςΟρθοδοξίας εν Πουλτάνη Ρωσίας, 1915.
- Νικηφόρου του Θεοτόκη λόγος "Μακάριος ος εύρε φρόνησιν", 1892.
- Λόγος εις τον αποχωρισμόν αυτού εκ τηςεπαρχίας, 1892.
- Διάφοροι λόγοι Νικηφόρου ιερομονάχου Θεοτόκου αφιερούμενοι τω πατριάρχη Ιεροσολύμων κυρίων Εφραίμ, Λειψία 1770.
Αναρτήσεις
